Ну как что делать, катать.
Если они и по жизни такие, то можно только радоваться.
Поищите фотографии прототипов ваших вагонов, если они действительно такие, то все нормально. Цистерна вроде и должна быть ниже крытого, что не так? (по крайней мере если про старые речь)
Ну а если хочется чтобы все было по струночке, составьте поезд из однородных вагонов, а остальные поставьте на боковые пути.