Принципиальная разница этих двух плат в том, что MS R3 имеет вход Brake (остановка) и выход CurrentSense. В частности, наличие входа Brake реализовано в схеме управления при помощи двух элементов NXOR (инвертированное исключающее или):
При уровне 1 на входе Brake IN1 всегда равен IN2, двигатель остановлен. Проверил это, собрав соответствующую добавку в схему, все так и работает. Если же не использовать Brake, то описанный выше способ с подачей на IN2 инвертированного сигнала IN1 (DCC) работает, как и ожидалось.